En febrero de 1986, National Endowment for Democracy (NED) apoya el proyecto “Datos económicos para el proceso de toma de decisiones políticas en Chile: 1986-1987”, que da inicio a la Encuesta CEP. Luego se celebra un convenio de apoyo técnico con el Institute of International Studies de la Universidad de Carolina del Sur. Desde ese momento, la Encuesta Nacional de Opinión Pública pasa a ser uno de los proyectos más emblemáticos del CEP. Y en 1998, ingresa al International Social Survey Program (ISSP).
A la fecha, se han realizado 89 encuestas bajo la coordinación de Carla Lehmann (1994-2004), Carolina Segovia (2004-2013), Ricardo González (2013-2019), Carmen Le Foulon (2020-2023). La Encuesta CEP es actualmente liderada por Sandra Quijada, coordinadora del Área de Opinión Pública..
