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En el actual debate sobre la reformulación de las pruebas de selección a la educación superior se han planteado diversas críticas a la Prueba de Aptitud Académica (PAA). Una de ellas argumenta que esta prueba presentaría un sesgo en contra de las mujeres, basándose en que los hombres obtienen, en promedio, 45 puntos más en la prueba de aptitud matemática. Esto representa cerca de un tercio de la desviación estándar del puntaje de la PAA. Curiosamente, estas diferencias en el rendimiento de matemática entre hombres y mujeres son similares a las que se observan en el Tercer Estudio Internacional de Matemáticas y Ciencias (TIMSS). En este estudio participaron varios países y se puso especial cuidado en evitar sesgos en las preguntas. Aun así, existen diferencias importantes en el rendimiento de hombres y mujeres.
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Ciertamente, la posible existencia de sesgo amerita un estudio riguroso. Sin embargo, este no se ha hecho y se han usado las diferencias de puntajes entre las pruebas para afirmar su presencia. Esta no es la forma correcta de hacerlo. La detección y corrección del sesgo implican realizar un análisis pregunta por pregunta, observando si existe un comportamiento diferente entre personas que evidencien el mismo nivel de destrezas o conocimientos, pero que pertenecen a distintos grupos, en este caso hombres y mujeres. Este análisis se puede realizar mediante técnicas estadísticas y es independiente del tipo de prueba que se utilice, por lo tanto se puede aplicar tanto en la PAA como en el SIES.
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Una vez que se corrigen las preguntas que tienen un comportamiento anómalo, no se garantiza que las diferencias de puntajes entre hombres y mujeres desaparezcan. Si estas obedecen a desempeños disímiles reales, las pruebas debieran reflejarlas. De hecho, en pruebas internacionales que incorporan técnicas estadísticas para evitar sesgos de género siguen apareciendo brechas en los puntajes de hombres y mujeres.
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En los análisis de pruebas internacionales como el TIMSS y PISA, se atribuyen las discrepancias de puntaje a diferencias de desempeño reales, las cuales «pueden ser el resultado de un contexto cultural y social más amplio o de políticas y prácticas educacionales.» Entre ellas se encuentran diferencias de oportunidades educacionales que se ofrecen a hombres y mujeres, expectativas de los padres y de los mismos alumnos. En esta dirección apuntan los estudios del TIMSS sobre entorno y actitudes hacia las ciencias y matemáticas. En estos se encuentra que ellas difieren significativamente por género. Entre las diferencias se encuentra que, al final de la enseñanza media, en el promedio internacional, un mayor porcentaje de estudiantes hombres señalan que quisieran un trabajo relacionado con las matemáticas, mientras casi 75% de las mujeres señala que no necesitan tener un buen desempeño en esta materia para acceder al trabajo deseado.
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En Chile, aunque se observa efectivamente una brecha de puntaje entre hombres y mujeres en la PAA, ésta varía según si el alumno o alumna asiste a establecimientos públicos o privados, y entre quienes rinden una prueba de conocimientos específicos en particular u otra o no rinden ninguna. En algunos casos incluso la brecha se revierte en favor de las mujeres. Las brechas de puntaje, sin embargo, no deberían variar si las diferencias se originaran en un sesgo de la prueba en contra las mujeres, ya que el sesgo, si existiera, se debiera observar parejamente y con independencia del tipo de establecimiento al que asiste el estudiante y el tipo de carrera que aspira.